Bảo tàng Lịch sử Thành phố Hồ Chí Minh có 12 Bảo vật quốc gia được Thủ tướng chính phủ ban hành Quyết định công nhận số 1426/QĐ-TTg ngày 01/10/2012; số 2599/QĐ-TTg ngày 30/12/2013 và số 1821/QĐ-TTg ngày 24/12/2018. Đặc biệt, 12 Bảo vật quốc gia lưu giữ ở Bảo tàng Lịch sử Thành phố Hồ Chí Minh đều thuộc nghệ thuật Phật giáo và Hindu giáo của nền Văn hóa Phù Nam - Óc Eo (thế kỷ 1-7) và văn hóa Champa (thế kỷ 2-17) phát triển từ xa xưa ở Nam bộ và Trung bộ Việt Nam. Đây là những tác phẩm nghệ thuật vừa thể hiện giá trị lịch sử văn hóa - tín ngưỡng tộc người vừa thể hiện giá trị thẩm mỹ của kỹ thuật đương thời mang tính bản địa của các thành phần dân tộc Việt Nam trong quá khứ, góp phần làm phong phú kho tàng di sản văn hóa Việt Nam.